Монгол Улсын Засгийн газрын 2011 оны 374-р тогтоолоор Мал хамгаалах сан болон сангийн хөрөнгийг захиран зарцуулах журмыг баталсан бөгөөд тогтоолын дагуу Үйлдвэр хөдөө аж ахуйн яамны дэргэд 12 орон тоо бүхий Мал хамгаалах санг байгуулж, аймаг, сум бүрт орон тооны бус зөвлөлийг ажиллуулж байна.

Харин өнгөрсөн жилүүдэд нийслэлийн хэмжээнд хөдөө аж ахуйн салбарт хэрэгжүүлж буй хөтөлбөрүүдийн хэрэгжилт муу байснаас эрчимжсэн мал аж ахуйг хөгжүүлэх нөхцөл бүрдээгүй, мал аж ахуй эрхлэхийг хориглосон бүсэд аж ахуй эрхлэх явдлыг эцэслэн шийдэж чадаагүй зэрэг хүндрэлүүд гарч байгаа юм.
Нийслэлийн Засаг даргын 2012-2016 оны үйл ажиллагааны хөтөлбөрт “Нийслэлийн иргэдийн шингэн сүүний хэрэглээний 80 хувийг дотоодын үйлдвэрлэлээр хангах” зорилт дэвшүүлсэн. Уг зорилтыг хэрэгжүүлэх, гарч буй хүндрэлүүдийг шийдвэрлэхийн тулд нийслэлийн Засаг даргын А/166 дугаар захирамжаар Нийслэлийн мал хамгаалах санг байгууллаа. Тус сангийн даргаар нийслэлийн Засаг даргын Экологи, ногоон хөгжлийн асуудал хариуцсан орлогч Т.Бат-Эрдэнэ ажиллах бөгөөд үйл ажиллагааг нь удирдан зохион байгуулна.
Нийслэлийн мал хамгаалах санг байгуулсанаар мал аж ахуйн салбарт хэрэгжүүлж буй Үндэсний хөтөлбөрүүдэд тусгагдсан зорилтот арга хэмжээнүүдийг хэрэгжүүлэх, эрчимжсэн мал аж ахжйг хөгжүүлэх, дэмжих, судалгаа хийх, бэлчээрийн даац тодорхойлох зэрэг ажлыг шат дараатай зохион байгуулна.