Монгол Улсын их сургууль (МУИС) болон Монголын үндэсний их сургууль (МҮИС) хэмээх хоёр сургуулийн нэр утга ойролцоо тул хооронд нь андуурах тохиолдол гардаг. 

Мөн олон улсад Монголын их, дээд сургууль эрэмбэлэгдэхэд дээрх давхцал хойш нь татдаг талаар Боловсрол, шинжлэх ухааны сайд Л.Энх-Амгалан наймдугаар сарын 26-нд хийсэн хурлын үеэр дурдсан. Тэрбээр мөн Монголын үндэсний их сургууль гэх нэр нь төрийн өмч тул буцааж авна хэмээн мэдэгдсэн билээ. 

Энэхүү мэдэгдлийн хариуд Монголын үндэсний их сургуулиас ажил хэргийн нэр хүндээ хамгаалж, нэр төр, алдар хүндээ сэргээх зорилгоор Сүхбаатар дүүргийн иргэний хэргийн шүүхэд өнөөдөр хандаж байгаагаа зарлаж байв.

 Тэгвэл маргааны бай болсон МҮИС-ийн нэрийг Ё.Отгонбаяр боловсролын сайд байхдаа олгосон байжээ.

Тодруулбал, тэрбээр 2012 онд сайдын тушаал гарган тухайн сургуулийг  2012 оны наймдугаар сарын 01-нээс эхлэн их сургуулийн ангилалд хамруулахаар шийдвэрлэжээ. Энэ өдрөөс “Монголын Үндэсний Их сургууль” ХХК байсан тус байгууллага их сургууль болсон аж.