2000 оны Улсын Их Хурлын сонгуульд Монголын Үндэсний Ардчилсан Нам ялагдсаны дараа З.Энхболд эрхэм тус намын ерөнхий нарийн бичгийн даргаар ажиллах болсон.

Харин 2001 онд АНУ-ын Денверийн Их Сургуульд суралцахаар явжээ. 2004 онд төгсч ирээд Улсын Их Хурлын сонгуульд Өвөрхангай аймгаас нэр дэвшин өрсөлдөж ялалт байгуулсан боловч сонгуулийн маргаантай холбоотойгоор жил гаруй хугацаанд гишүүний эрхээ эдэлж чадаагүй, энэ үедээ Төрийн Өмчийн Хорооны даргаар ажиллаж байжээ.